El día 29 de abril de 2003, la Policía del Estado español arrestó a ocho miembros de Udalbiltza a instancias del juez Baltasar Garzón: Miriam Campos, Eider Casanova, Lander Etxebarria, Oskar Goñi, Leire Idoiaga, Txema Jurado, Larraitz Sanzberro y Karmele Urbistondo. 24 horas más tarde las y los detenidos declararon ante el juez, que dio orden de prisión para todas y todos. Entretanto, la Policía del Estado español registró y precintó las sedes de Astigarraga, Bilbo, Gasteiz e Iruñea, y requisó el material hallado en ellas.

Así, suspendió provisionalmente la actividad de Udalbiltza, acusándola de ser "instrumento de ETA". A las y los detenidos, por su parte, les acusó de pertenencia a ETA y, siguiendo órdenes de ésta, de promover la creación de AuB y las plataformas locales municipales.

A fin de hacer frente al ataque, representantes de Udalbiltza se reunieron en el ayuntamiento de Astigarraga con representantes del ámbito de la política, la actividad cultural vasca, la cultura y los sindicatos y diversos agentes sociales en general. Por otro lado, cargos electos de decenas de municipios realizaron una reunión de urgencia en el frontón de Astigarraga. Finalmente, tras dos años y medio sin mantener reunión alguna, las dos expresiones de Udalbiltza se reunieron con objeto de impulsar la cooperación tras la operación policial.

En ese contexto, Maribi Ugarteburu, portavoz de Udalbiltza se dirigió a los medios de comunicación destacando la sucesión de hechos producidos: "No creemos en las casualidades, ya que la operación ha tenido lugar 48 horas después de que Udalbiltza haya reafirmado su decisión de seguir trabajando y en el momento en el que está por decidirse la presencia en las elecciones de una opción política"

En su opinión, la operación ordenada por el juez español Baltasar Garzón en contra de la institución nacional "es otro capítulo de la estrategia bélica y de ataque en contra de las y los vascos".

"Ésta era una operación anunciada. Si bien no nos acusa de ningún delito, el auto de Garzón dedica 35 páginas a la actividad de Udalbiltza" afirmó la alcaldesa de Amoroto.

Finalmente, Ugarteburu quiso hacer un llamamiento: "No olvidemos que Udalbiltza está integrada por más personas que las detenidas. Es una asamblea de cargos electos y, en este sentido, me gustaría pedir a todos ellos que dejen las siglas de lado, aprendan de las desgracias e impulsen todos juntos a Udalbiltza, para que siga adelante".

Fruto de la ronda de contactos citada fue anunciada una manifestación nacional en Bilbo para el día 10 de mayo bajo el lema Bai Udalbiltzari, Bai Euskal Herriari.

Varios cientos de representantes municipales celebraron una asamblea extraordinaria el 7 de mayo en el Teatro Leidor de Tolosa "para realizar una llamada a la dignidad ante la grave situación política".